12月19日
16:30～18:00

石川 雅人 
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士3年

摂動後の発現ダイナミクスに基づく遺伝子制御ネットワーク推定

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招待コメンテーター

尾崎 遼 准教授
筑波大学 医学医療系 バイオインフォマティクス研究室  　 

松本 拡高 准教授
　　長崎大学 情報データ科学部 　 

望月 敦史 教授
​京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門 

遊佐 宏介 教授
​  京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門 　 

細胞の分化過程における遺伝子発現ダイナミクスの背後には、それを生み出す遺伝子制御ネットワークが存在する。この制御ネットワークを推定する最も確実な方法は、遺伝子発現に摂動を与え、その影響を調べる方法だと考えられる。近年、CRISPR法と1細胞RNA-seqを組み合わせることで、多数の遺伝子をそれぞれノックアウトした後の発現変化を計測することが可能になった。しかし、既存の制御ネットワーク推定手法はこのようなリッチなデータを十分に活かせていなかった。そこで、我々は摂動後の発現時系列データから遺伝子制御ネットワークを高精度に推定する手法、RENGEを開発した。RENGEは、ノックアウトされた遺伝子からネットワークに従って摂動の影響が伝播していく過程を表すモデルを用いることで、従来手法より正確に遺伝子制御ネットワークを推定できる。本セミナーでは、RENGEをヒトiPS細胞データに対して適用した結果について紹介し、推定されたネットワークから見出される知見について議論したい。

石川 雅人 
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士3年

2018年東京大学理学部・生物情報科学科卒業。現在は東京大学大学院新領域創成科学研究科・木立尚孝准教授の研究室にて博士課程学生としてバイオインフォマティクスの研究を行っている。また、2019年より理化学研究所・バイオインフォマティクス研究開発チーム（二階堂愛チームリーダー）にて、研究パートタイマーとして1細胞オミクスデータの数理モデリングに従事している。