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12月19日
16:30~18:00
石川 雅人
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士3年
摂動後の発現ダイナミクスに基づく遺伝子制御ネットワーク推定
招待コメンテーター
尾崎 遼 准教授
筑波大学 医学医療系 バイオインフォマティクス研究室
松本 拡高 准教授
長崎大学 情報データ科学部
望月 敦史 教授
京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門
遊佐 宏介 教授
京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門
細胞の分化過程における遺伝子発現ダイナミクスの背後には、それ
を生み出す遺伝子制御ネットワークが存在する。この制御ネットワ
ークを推定する最も確実な方法は、遺伝子発現に摂動を与え、
その影響を調べる方法だと考えられる。近年、
CRISPR法と1細胞RNA-seqを組み合わせることで、多
数の遺伝子をそれぞれノックアウトした後の発現変化を計測するこ
とが可能になった。しかし、既存の制御ネットワーク推定手法はこ
のようなリッチなデータを十分に活かせていなかった。そこで、我
々は摂動後の発現時系列データから遺伝子制御ネットワークを高精
度に推定する手法、RENGEを開発した。RENGEは、ノック
アウトされた遺伝子からネットワークに従って摂動の影響が伝播し
ていく過程を表すモデルを用いることで、従来手法より正確に遺伝
子制御ネットワークを推定できる。本セミナーでは、RENGEを
ヒトiPS細胞データに対して適用した結果について紹介し、推定
されたネットワークから見出される知見について議論したい。
石川 雅人
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士3年
2018年東京大学理学部・生物情報科学科卒業。現在は東京大学
大学院新領域創成科学研究科・木立尚孝准教授の研究室にて博士課
程学生としてバイオインフォマティクスの研究を行っている。
また、2019年より理化学研究所・バイオインフォマティクス研
究開発チーム(二階堂愛チームリーダー)にて、研究パートタイマ
ーとして1細胞オミクスデータの数理モデリングに従事している。
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